Atât angajaţii, cât şi colaboratorii externi ai CICCR desfăşoară o activitate de cercetare ştiinţifică în cadrul Arhivelor Consiliului Naţional pentru Studierea Arhivelor Securităţii, Arhivelor Naţionale Istorice Centrale sau a Arhivelor Ministerului Afacerilor Externe.
Temele care fac subiectul acestor cercetări privesc o serie de aspecte legate de istoria comunismului românesc printre care: represiunea asupra populaţiei, problema informatorilor, mişcările de rezistenţă de pe teritoriul ţării, exilul românesc.
Studiile şi lucrările rezultate vor fi publicate în presă sau în volumele editate de Centru.